Congés payés pendant un arrêt maladie : le guide complet pour les PME
Pendant des décennies, la règle française était simple à retenir : un salarié en arrêt maladie « ordinaire » n'acquérait pas de congés payés. Cette règle avait un défaut majeur : elle était contraire au droit européen. La loi du 22 avril 2024 y a mis fin, et avec elle à la tranquillité de nombreux services RH.
Depuis, chaque arrêt de travail dans votre PME génère des congés payés. Vos compteurs doivent le refléter, vos bulletins de paie aussi, et une obligation d'information pèse désormais sur vous à chaque retour de salarié. Ce guide reprend les règles applicables, les calculs, les délais, et les points de contrôle à mettre en place.
Ce qui a changé avec la loi du 22 avril 2024
Le point de départ est une série d'arrêts de la Cour de cassation du 13 septembre 2023. La Haute juridiction a écarté le droit français au profit de la directive européenne 2003/88/CE : tout salarié doit bénéficier d'au moins quatre semaines de congés annuels, qu'il ait travaillé ou non.
Le législateur est intervenu avec la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 (dite « loi DDADUE »), qui a réécrit les articles L. 3141-3 et suivants du Code du travail. Trois changements structurants pour une PME :
L'arrêt maladie non professionnel devient acquisitif de congés payés, à un rythme réduit.
L'arrêt pour accident du travail ou maladie professionnelle (AT/MP) n'est plus plafonné à un an : il est assimilé à du travail effectif sur toute sa durée.
Une obligation d'information de l'employeur apparaît à chaque reprise du travail, assortie d'un délai de report de 15 mois.
Combien de congés un salarié acquiert-il pendant son arrêt ?
Tout dépend de la nature de l'arrêt. C'est la première distinction à opérer, et elle conditionne l'ensemble du calcul.
Situation | Acquisition | Plafond par période de référence |
|---|---|---|
Travail effectif | 2,5 jours ouvrables / mois | 30 jours ouvrables (5 semaines) |
Arrêt maladie non professionnelle | 2 jours ouvrables / mois | 24 jours ouvrables (4 semaines) |
Arrêt pour AT / maladie professionnelle | 2,5 jours ouvrables / mois | 30 jours ouvrables (5 semaines) |
La maladie non professionnelle : 2 jours par mois
C'est le nouvel article L. 3141-5-1 du Code du travail. Un salarié en arrêt pour une maladie sans lien avec le travail acquiert 2 jours ouvrables par mois d'absence, dans la limite de 24 jours ouvrables sur la période de référence.
Le rythme est volontairement inférieur à celui du travail effectif (2 vs 2,5) : le législateur a transposé le minimum européen de quatre semaines, pas la cinquième semaine française.
L'AT/MP : alignement total sur le travail effectif
Pour un accident du travail, un accident de trajet ou une maladie professionnelle, le régime est plus favorable : l'absence est assimilée à du travail effectif, soit 2,5 jours ouvrables par mois, sans plafond de durée.
C'est ici que la loi de 2024 a fait le plus de chemin : auparavant, l'assimilation s'arrêtait au bout d'un an d'arrêt ininterrompu. Cette limite d'un an a été purement et simplement supprimée. Un salarié en arrêt AT/MP depuis trois ans continue donc d'acquérir ses 2,5 jours par mois.
Un cas chiffré : Sonia, 8 mois travaillés, 4 mois d'arrêt
Sonia est assistante commerciale dans une PME de 40 salariés. Sur la période de référence du 1er juin au 31 mai, elle a travaillé 8 mois puis a été arrêtée 4 mois pour une hernie discale sans lien avec son poste (maladie non professionnelle).
Travail effectif : 8 mois × 2,5 = 20 jours ouvrables
Arrêt non professionnel : 4 mois × 2 = 8 jours ouvrables
Total : 28 jours ouvrables, dans la limite légale de 30 jours ouvrables
Avant la réforme, Sonia aurait acquis 20 jours. Elle en acquiert désormais 28, soit 8 jours de plus à provisionner, à afficher sur son compteur et à intégrer à la paie. Sur une PME de 40 personnes avec un taux d'absentéisme courant, l'effet cumulé n'a rien d'anecdotique.
Si Sonia avait été arrêtée toute la période de référence pour maladie non professionnelle, elle aurait acquis 24 jours ouvrables — les quatre semaines garanties par le droit européen.
L'obligation d'information : le nouveau réflexe à installer
C'est le point que les PME oublient le plus souvent, et c'est pourtant celui qui fait courir le risque juridique le plus direct.
À chaque retour d'un salarié après un arrêt, l'employeur doit l'informer dans le mois suivant la reprise :
du nombre de jours de congés dont il dispose ;
de la date limite jusqu'à laquelle il peut les prendre.
L'information doit être transmise par tout moyen conférant date certaine à sa réception. En pratique, le bulletin de paie est expressément admis : c'est la voie la plus simple pour une PME, à condition que les compteurs affichés soient justes et que la date limite y figure réellement.
> Le point à retenir : tant que vous n'avez pas informé le salarié, le délai de report de 15 mois ne commence pas à courir. Une information oubliée, c'est un compteur qui ne s'éteint jamais.
Le report de 15 mois : quand le compteur démarre-t-il ?
Les congés acquis pendant un arrêt ne sont pas perdus au 31 mai. Ils bénéficient d'un délai de report de 15 mois. Le point de départ de ce délai dépend de la durée de l'arrêt.
Cas 1 — Arrêt de moins d'un an
Le délai de 15 mois court à compter de la date à laquelle le salarié reçoit l'information de l'employeur après sa reprise.
Exemple : Sonia reprend le 15 mars. Vous l'informez via son bulletin de paie de mars, reçu le 31 mars. Ses congés reportés doivent être soldés au plus tard le 30 juin de l'année suivante.
Cas 2 — Arrêt d'au moins un an couvrant toute la période de référence
Le délai de 15 mois court à compter de la fin de la période d'acquisition au titre de laquelle les congés ont été acquis — sans attendre le retour du salarié.
Point de vigilance : si le salarié revient avant l'expiration de ce délai de 15 mois, le report est suspendu jusqu'à ce que vous lui délivriez l'information. Les congés ne disparaissent donc pas pendant un arrêt long, contrairement à une idée répandue.
Et la rétroactivité ? Où en est-on en 2026
La loi a organisé une application rétroactive au 1er décembre 2009, avec deux régimes de prescription qu'il faut aujourd'hui distinguer :
Salariés toujours dans l'entreprise : ils disposaient d'un délai de forclusion de deux ans à compter de la promulgation de la loi, soit jusqu'au 24 avril 2026, pour réclamer leurs droits passés. Cette fenêtre est désormais fermée.
Salariés ayant quitté l'entreprise : la prescription triennale des salaires s'applique (article L. 3245-1), à compter de la rupture du contrat. Des réclamations restent donc possibles sur les soldes de tout compte des trois dernières années.
Autrement dit : le gros de la vague rétroactive est passé, mais le contentieux « sortants » reste ouvert. Si vous n'avez jamais audité vos soldes de tout compte post-2023, c'est le moment.
Vos 5 points de contrôle
Concrètement, voici ce qu'une PME doit pouvoir démontrer :
Vos compteurs distinguent les types d'arrêt. Maladie ordinaire et AT/MP ne s'acquièrent pas au même rythme : un compteur unique « absence » ne suffit plus.
Le plafond de 24 jours est appliqué aux périodes de maladie non professionnelle, et le total reste dans la limite légale de 30 jours ouvrables.
L'information post-reprise est systématique, dans le mois, avec une date certaine — idéalement sur le bulletin de paie.
Vous conservez la preuve de cette information. En cas de litige, c'est à l'employeur de prouver qu'il a permis au salarié de prendre ses congés.
Vos dates limites de report sont suivies, individuellement, sur 15 mois glissants — et non calées sur la seule période de référence collective.
C'est ce cinquième point qui met le plus souvent en échec un suivi sur tableur : chaque salarié revenu d'arrêt porte sa propre date limite, calculée depuis sa propre date d'information. Sur 40 ou 150 salariés, la maintenance manuelle devient une source d'erreurs garantie.
Questions fréquentes
Un salarié en arrêt peut-il poser des congés payés pendant son arrêt ?
Non. L'arrêt de travail suspend le contrat ; les deux statuts ne se cumulent pas. Le salarié pose ses congés à son retour, dans le cadre du délai de report.
Que se passe-t-il si un salarié tombe malade pendant ses congés ?
Les congés ne sont pas automatiquement reportés dans cette situation en droit français — mais la jurisprudence européenne pousse à la reconnaissance d'un report. Un point à surveiller, et à traiter avec prudence au cas par cas.
Les congés acquis pendant l'arrêt sont-ils indemnisés de la même façon ?
Ils suivent les règles habituelles d'indemnisation des congés payés (maintien de salaire ou 10 %, la formule la plus favorable). L'arrêt affecte l'acquisition, pas le mode de calcul de l'indemnité.
La 5e semaine est-elle concernée ?
Pour la maladie non professionnelle, non : le plafond de 24 jours ouvrables correspond aux quatre semaines garanties par le droit de l'Union. Pour l'AT/MP, l'assimilation à du travail effectif ouvre bien droit aux 30 jours ouvrables.
En résumé
La réforme de 2024 n'a pas seulement ajouté des jours dans les compteurs : elle a transformé le suivi des congés en obligation probatoire. Acquisition différenciée selon le type d'arrêt, information dans le mois suivant la reprise, date certaine, report individuel sur 15 mois — chacun de ces points est un endroit où une PME peut se retrouver en défaut, sans mauvaise foi, simplement parce que le fichier Excel n'a pas suivi.
C'est précisément ce type de règles que Kalendoo automatise : compteurs de congés et de RTT mis à jour selon la nature de l'absence, dates limites de report calculées par salarié, historique horodaté des informations transmises, et exports prêts pour la paie. De quoi transformer une obligation légale en routine, plutôt qu'en chantier annuel.
Cet article présente les règles générales issues de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024. Votre convention collective ou vos accords d'entreprise peuvent prévoir des dispositions plus favorables : vérifiez-les avant tout paramétrage.